Военные
Солдаты регулярных армейских частей. Охраняют подходы к закрытой территории Зоны, патрулируя периметр, расстреливая мутантов и отлавливая мародёров.
Армейский спецназ - элитные подразделения. Как правило, высаживаются в Зоне для проведения спасательных и специальных операций.
Сталкеры (нейтралы)Сталкеры и одиночки, сбивающиеся в небольшие группы, а иногда и вовсе поодиночке. Ищут хабар, достают артефакты. Основной враг — бандиты. В игре имеют две основные базы — на Кордоне и близ НИИ «Агропром», но встречаются везде — от Кордона до Лиманска, в том числе и на Янтаре. Лидер группировки — Отец Валерьян, на Кордоне. Техники (их трое, по одному на каждой базе и один на Барахолке) улучшают легкую броню, пистолеты, легкие автоматы и ружья. Можно вступить. Отношение этой группировки к главному игроку влияет даже на отношения между последним и всеми «сталкерами-одиночками», включая и Стрелка. За победу над бандитами игрок получает артефакт «Пузырь», костюм СЕВА и детектор «Велес». Можно вступить.
Группировка "Долг"Военизированная группировка, отличающаяся строгой дисциплиной: ее члены живут фактически по уставу. Только представители "Долга" не торгуют уникальными порождениями Зоны с внешним миром: по слухам, все найденные этими людьми артефакты сдаются ученым. Каждый "долговец" считает своей главной целью защиту мира от воздействия Зоны. Большинство операций группировки связаны с истреблением монстров, поэтому рейды "Долга" нередко избавляют рядовых сталкеров от многих насущных проблем. Давно и яростно враждует с группировкой "Свобода".
Группировка "Свобода"Анархисты и сорвиголовы, объявившие себя борцами за свободу на территории Зоны, и поэтому постоянно конфликтующие с армейскими подразделениями, военными сталкерами и группировкой "Долг". "Свободовцы" считают, что информацию о происходящем в Зоне нельзя скрывать от человечества, таким образом оспаривая монополию правительственных организаций на владение местными тайнами и чудесами.
Группировка "Бандиты"Представители криминального мира, пришедшие в Зону по разным причинам: заработать на продаже артефактов, скрыться от закона, купить или продать оружие. При всём этом, основным промыслом «настоящих пацанов» являются грабежи, мародерство и убийства сталкеров с целью лёгкой наживы. В Зоне много подобного элемента уровнем от шпаны до серьёзных уголовников. Живут по понятиям, вследствие чего, группировка имеет организованную иерархичную структуру во главе с «паханом».
Члены этой «понятийной» секты не редко уходят в свободное плавание, сбиваясь в небольшие группы именуемые «Ренегатами».
Группировка "Наёмники"Люди, способные выполнить любое задание за деньги. Знают Зону и ее порождения хуже рядового сталкера, и зачастую гибнут там, где зеленый новичок заметил бы опасность. Но что касается войны с людьми – тут они знают толк.
Группировка "Чистое небо"Исследователи проявлений Зоны, малоизвестный клан, затерянный где-то в болотах. Достоверно никто не знает, какова их численность, чем они занимаются и какие цели преследуют. Но те редкие сталкеры, что приходили с болот, рассказывают о парнях в камуфляже небесно-синего цвета.
Группировка "Ренегаты"Немногочисленная группировка, состоящая исключительно из самых презренных личностей Зоны. Бандиты, мародеры, предатели и рецидивисты - бывшие члены других группировок, изменившие и предавшие свои взгляды. Этот сброд не имеет организованной структуры и лидера как такового. Сбиваясь в небольшие группы, охотятся за легкой добычей, промышляя убийствами и грабежами, как правило, молодых и неопытных сталкеров. Чаще всего встречаются вдоль периметра аномальной зоны отчуждения. Ренегаты - это самые аморальные сталкеры, которые настолько провинились перед своей группировкой, что их выгнали и ни под каким предлогом не принимают обратно. У них нет ниэтики, ни морали, ни законов. Их терпеть не могут все сталкеры, даже бандиты, которые тоже не особо щепетильны в плане морали, но даже они считают, что Ренегаты живут "не по понятиям". Их загнали в самую глубь Зоны - на болота, но даже и там не оставляли попыток уничтожить, что в конце концов обернулось успехом.
Группировка "Учёные"Эту малочисленную группу исследователей, в лице одного ученого Сахарова, назвать группировкой можно только условно. Ученые относятся к Мобильной лаборатории, расположенной прямо в центре высохшего озера Янтарь. Она выглядит как небольшой металлический бункер с маленькими тонированными окошками. Способна выдержать почти все известные человеку повреждения любого характера. Может быть переведена в автономный режим на нескольо месяцев, для чего снабжена надежными системами жизнеобеспечения. В Зону доставляется грузовым вертолетом. Бойцы из кланов "Долг" и "Нейтралы" взяли на себя обязанности по защите старика и его скромного жилища от нескончаемых потоков зомбированных сталкеров, попавших под действие сильного пси-воздействия на территории близлежащего завода.
Группировка "Монолит"Группировка, скорее напоминающая религиозную секту. Ее члены верят, что в центре Зоны покоится эволюционный кристалл неземного происхождения - Монолит. Большинство сталкеров презирают адептов "Монолита", считая их помешанными. Со времени своего образования группа препятствует продвижению сталкеров к центру Зоны, мотивируя это недобрыми намерениями последних в отношении Монолита. По слухам, у "монолитовцев" есть крупная база где-то ближе к центру Зоны, но точного ее расположения не знает никто, кроме самих членов группировки.